Retrotranspozon temelli moleküler belirteçler kullanılarak Türk arpa (Hordeum vulgare L.) çeşitlerinin genomik karakterizasyonu
[ X ]
Tarih
2020
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Kökeni Doğu Akdeniz ülkelerine dayanan, hayvan yemi ve maltlık olarak tüketilen arpanın,dünyanın birçok bölgesinde tarımı ve ıslahı yapılmaktadır. Arpa çeşitlerinde genetikçeşitliliğin belirlenmesi, çeşitler arasındaki genetik ilişkilerin ortaya çıkarılması ve ıslahçıhaklarının korunması için moleküler yöntemlerden faydalanılmaktadır. Bu çalışmada, arpagenomunun önemli bileşenlerinden olan BARE-1 retrotranspozonu ile ilişkili IRAP(Retrotranspozon-arası Çoğaltılmış Polimorfizm), REMAP (Retrotranspozon-MikrosatellitÇoğaltılmış Polimorfizmi) ve iPBS (Primer Arası Bağlanma Yeri Polimorfizmi) olarakadlandırılan moleküler belirteçler kullanılarak ulusal birçok çeşidin karakterizasyonuyapılmıştır. Toplamda 211 alel olmak üzere, 3 IRAP primer çifti 49.5 REMAP primer çifti 55ve 7 iPBS primer çifti için 107 alel tespit edilmiştir. Lokus başına ortalama 14 alelbelirlenmiştir. Polimorfik Bilgi İçeriği (PIC) ortalama değeri REMAP için 0.407, IRAP için0.454 ve IPBS için de 0.442 bulunmuştur. Genetik benzerlik değerleri 0.41 ila 0.93 arasındadeğişmiştir. Tüm belirteçler için ortalama fark yöntemi (UPGMA) kümeleme analiziyapılarak, çeşitler genetik benzerliklerine göre gruplandırılmışlardır. Bu çalışmada, fazlasayıda alel ve yüksek PIC değeri vermeleri, ucuz ve kolay elde edinimleri nedeniyle,transposon temelli moleküler belirteçler ile çok yakın ilişkili çeşitlerin dahi ayrımının kolaybir şekilde yapılabileceği görülmüştür. Transposon esaslı belirteçler, çeşitler arasında genetikilişkileri belirlemenin yanı sıra genetik kaynakların korunmasında ve tohum bankalarınınyönetiminde faydalı olabilecektir.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Biyoloji, Genetik ve Kalıtım, Zooloji
Kaynak
Mediterranean Agricultural Sciences
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
33
Sayı
2
