Characterization of Bacillus species by numerical analysis of their SDS-PAGE protein profiles
Loading...
Date
2004
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Journal of Cell and Molecular Biology
Access Rights
Abstract
In the present study nine reference Bacillus strains were characterized by whole-cell protein profiles using sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). A numerical classification of the protein profiles revealed two distinct clusters at 47% similarity level. Cluster 1 comprised four strains belongs to B. subtilis and B. megaterium species at similarity levels changed between 67 and 85%, while cluster 2 consisted five strains belongs to various Bacillus species at similarity levels changed between 50 and 70%. The strains of the cluster 2 were clearly separated from that of cluster 1 by numerical analysis. Our results indicates that SDS-PAGE method combined with computerized analysis of cellular protein profiles provide an effective approach to investigate of taxonomic relationships within Bacillus species.
Bu çalışmada, dokuz referans Bacillus ırkı sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi kullanılarak elde edilen toplam hücresel protein profillerine göre karakterize edildi. Protein profil sonuçları esas alınarak yapılan nümerik sınıflandırma %47 benzerlik düzeyinde iki ayrı grup (cluster) oluşturdu. Grup 1 benzerlik düzeyi %67-85 arasında değişen B. subtilis ve B. megaterium türlerine ait dört ırkı; grup 2 benzerlik seviyesi % 50-70 arasında değişen farklı Bacillus türlerine ait beş ırkı içermektedir. Nümerik analizde grup 1’e ait ırklar grup 2’den açıkça ayrılmaktaydı. Bizim sonuçlarımız, SDS-PAGE yöntemiyle elde edilen hücresel protein profillerinin bilgisayar analizleriyle birleştirilmesinin Bacillus türlerinin taksonomik ilişkilerinin incelenmesinde etkili bir yaklaşım sağladığını gösterdi.
Bu çalışmada, dokuz referans Bacillus ırkı sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi kullanılarak elde edilen toplam hücresel protein profillerine göre karakterize edildi. Protein profil sonuçları esas alınarak yapılan nümerik sınıflandırma %47 benzerlik düzeyinde iki ayrı grup (cluster) oluşturdu. Grup 1 benzerlik düzeyi %67-85 arasında değişen B. subtilis ve B. megaterium türlerine ait dört ırkı; grup 2 benzerlik seviyesi % 50-70 arasında değişen farklı Bacillus türlerine ait beş ırkı içermektedir. Nümerik analizde grup 1’e ait ırklar grup 2’den açıkça ayrılmaktaydı. Bizim sonuçlarımız, SDS-PAGE yöntemiyle elde edilen hücresel protein profillerinin bilgisayar analizleriyle birleştirilmesinin Bacillus türlerinin taksonomik ilişkilerinin incelenmesinde etkili bir yaklaşım sağladığını gösterdi.
Description
Keywords
Characterization, Bacillus, SDS-PAGE, Numerical taxonomy, Karakterizasyon, Nümerik taksonomi
Journal or Series
WoS Q Value
Scopus Q Value
Volume
Issue
Citation
Berber, İ., "Characterization of Bacillus species by numerical analysis of their SDS-PAGE protein profiles". Journal of Cell and Molecular Biology, 3: 33-37, 2004.
