Transferability of barley and wheat EST-microsatellite markers in some Poaceae members
[ X ]
Tarih
2016
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Sinop Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
The cross species transferability of barley and wheat microsatellite markersdeveloped from expressed sequence tag (EST) libraries constructed under Fusarium infection conditions were detected among 17 species including 8from Aegilops, 6 from Triticum, Zea mays, Avena sativa, Oryzasativa.Transferability rates of barleymicrosatellite primer pairs ranged from 29% to 100%. A maximum of 100%cross-genera transferability noticed with Avena followed by Zea (92%),Triticum (83%), Aegilops (68%), and Oryza (8%). Primerpairs were highly transferable within species of Triticum (100% in T.turgidum durum durum, 92% in T. turgidum durum dicoccon and T.monococcum aegilopoides, 83% in T.timopheevii timopheevii and T.turgidum dicoccoides, 67% in T. timopheevii armeniacum). Only oneprimer pairs (contig624) showed100 % cross-species/genera amplification in all materials studied. Considering wheat microsatellites, the microsatelliteprimer pairs were highly transferable within species of Triticum (rangedfrom %100 to %70) and but low transferable in the allied cereals (15% inAvena, 50% in Oryza, 45% in Zea, 60% in Hordeum). Twoprimer pairs have shown transferability only in some Triticum species,while two others showed amplication only in species of Aegilops and Triticum.Only one primer pairs showed 100 % cross-species/genera amplification in allmaterials studied.This highercross-species transferability of EST microsatellite markers indicated a highlevel of conservation of DNA sequences belonging to the transcribed region ofthe genome and its suitability in comparative genome mapping, genetic diversityand phylogenetics analysis.
Fusariim enfeksiyon kosullari altinda olusturulmus eksprese olandizi (EST) kütüphanelerinden gelistirilen arpa ve bugday mikrosatellitmarkirlarinin türler/cinsler arasi aktarilabilirlikleri, 8 Aegilops, 6 Triticum türü ile,Zea mays, Avena sativa veOryza sativa ‘yi içeren 17 türde belirlenmistir. Arpa mikrosatellit primerleriiçin aktarilabilirlik orani %29 ila %100 arasinda degismistir. Cinsler arasi enyüksek (%100) aktarilabilirlik Avenada not edilmis, bunu Zea (%92) , Triticum (%83),Aegilops (68%) ve Oryza (%8) takip etmistir. Primer çiftleri, Triticum türleri içerinde oldukçayüksek aktarilabilirdir (T. turgidum durum durum da %100, T. turgidumdurum dicoccon ve T. monococcum aegilopoides da %92,T.timopheeviitimopheevii ve T. turgidum dicoccoides de %83, T. timopheevii armeniacumda %67). Yalnizca bir primerçifti (contig624) çalisilan tüm materyallerde, %100 tür/cinsler arasiçogaltim göstermistir. Bugday mikrosatellitleridegerlendirildiginde, mikrosatellit primer çiftleri Triticum türleri içindeoldukça aktarilabilirdir (%70 ila %100 arasinda) ancak akraba tahillarda düsükaktarilabilirdir (Avena da 15%, Oryza da 50%, Zea da 45%, Hordeumda 60%). Iki primer çifti yalnizca bazi Triticum türlerindeaktarilabilirlik göstermisken, diger iki primer çifti sadece Aegilops veTriticum türlerinde çogaltim göstermistir.EST mikrosatellitemarkirlarinin bu yüksek tür/cinsler arasi aktarilabilirligi, genomun ifadeedilen bölgesine ait DNA diziliminin yüksek derecede korundugunu ve bunlarinkarsilastirilmali genom haritalamalarinda, genetik çesitlilikte ve filogenetikanalizlerde uygunluklarini göstermektedir.
Fusariim enfeksiyon kosullari altinda olusturulmus eksprese olandizi (EST) kütüphanelerinden gelistirilen arpa ve bugday mikrosatellitmarkirlarinin türler/cinsler arasi aktarilabilirlikleri, 8 Aegilops, 6 Triticum türü ile,Zea mays, Avena sativa veOryza sativa ‘yi içeren 17 türde belirlenmistir. Arpa mikrosatellit primerleriiçin aktarilabilirlik orani %29 ila %100 arasinda degismistir. Cinsler arasi enyüksek (%100) aktarilabilirlik Avenada not edilmis, bunu Zea (%92) , Triticum (%83),Aegilops (68%) ve Oryza (%8) takip etmistir. Primer çiftleri, Triticum türleri içerinde oldukçayüksek aktarilabilirdir (T. turgidum durum durum da %100, T. turgidumdurum dicoccon ve T. monococcum aegilopoides da %92,T.timopheeviitimopheevii ve T. turgidum dicoccoides de %83, T. timopheevii armeniacumda %67). Yalnizca bir primerçifti (contig624) çalisilan tüm materyallerde, %100 tür/cinsler arasiçogaltim göstermistir. Bugday mikrosatellitleridegerlendirildiginde, mikrosatellit primer çiftleri Triticum türleri içindeoldukça aktarilabilirdir (%70 ila %100 arasinda) ancak akraba tahillarda düsükaktarilabilirdir (Avena da 15%, Oryza da 50%, Zea da 45%, Hordeumda 60%). Iki primer çifti yalnizca bazi Triticum türlerindeaktarilabilirlik göstermisken, diger iki primer çifti sadece Aegilops veTriticum türlerinde çogaltim göstermistir.EST mikrosatellitemarkirlarinin bu yüksek tür/cinsler arasi aktarilabilirligi, genomun ifadeedilen bölgesine ait DNA diziliminin yüksek derecede korundugunu ve bunlarinkarsilastirilmali genom haritalamalarinda, genetik çesitlilikte ve filogenetikanalizlerde uygunluklarini göstermektedir.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Microsatellite markers, transferability
Kaynak
Sinop Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
1
Sayı
2
