Yazar "Avşar, Cumhur" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 7 / 7
  • [ X ]
    Öğe
    Chemical composition and biological activities of the essential oil from the leaves of vaccinium Myrtillus L
    (Bangladesh Botanical Society, 2020) Elkiran, Omer; Avşar, Cumhur
    The chemical composition, antimicrobial and antioxidant properties of the essential oil (EO), obtained from the leaves of Vaccinium myrtillus naturally grown in the northernmost of Turkey were determined by GC and GC-MS and chemical differences were discussed with the help of chemotaxonomy. The leaves of the plant samples were hydro-distilled to produce oil in the yields of 1%. Nineteen components were identified representing 96.4% of the oil. The main compounds in the EO of V. myrtillus were; 1,8-cineole (38.6%), αpinene (21%), linalool (19.5%), α-terpineol (5.8%). The EO extract was screened for their antimicrobial activities against the 9 bacteria and 3 yeast species by using disc-diffusion and MIC procedure. The EO extract displayed more effective against all the tested bacteria (especially, S. aureus ATCC 6538 and MRSA) and yeast (only C. krusei). The MIC values of sample against tested microorganisms were found to be in the range of 320 to ≥1280 µg/ml. The most effective MIC values were observed against the S. aureus and MRSA (320 µg/ml). In vitro the antioxidant activity based on the 1,1-diphenly-2-picrylhydrazyl (DPPH) free radical was evaluated for the EO extract, and it was found that the extract had good antioxidant activity in the range of the IC50 = 583.4 ±11 µg ml. Antibacterial and antioxidant activities of the EO from the leaves of V. myrtillus has been reported for the first time. © 2020 Bangladesh Botanical Society. All rights reserved.
  • [ X ]
    Öğe
    Identification and Protein Fingerprinting of Staphylococcus aureus Species Isolated from Tooth Decay
    (Springer India, 2017) Bilgin Çine, Nevra; Berber, İsmet; Avşar, Cumhur
    Staphylococcusaureus is the most prevalent human pathogenic microorganism worldwide. In the present study, a total of 57 S. aureus strains, including 54 clinical isolates obtained from dental hospitals and three reference strains were characterized by phenotypic characteristics and SDS-PAGE protein profiling. Out of the 132 clinical specimens, 54 S. aureus strains were isolated and identified according to their morphological and physiological characteristics. The strains were tested against 13 standard antibiotics by using disc diffusion procedure. Antibiogram results showed that the highest resistance among the isolates was determined against ampicillin (83.6 %), whereas they were susceptible to sulfamethoxazole/trimethoprim, cefoperazone/sulbactam, vancomycin and imipenem. In addition, multidrug resistance index values of 12 (22.2 %) of the isolates were higher than the reference value of 0.2. The numerical analysis of whole-cell protein profiles of S. aureus strains revealed 2 major clusters at similarity levels of 57 % or above. Furthermore, the numerical analysis of extra-cellular protein profiles of S. aureus strains yielded 2 major clusters at similarity levels of 48 % or above. In conclusion, the present findings revealed that use of conventional methods with the numerical analysis of whole-cell and extra-cellular protein profiles might be useful for the more reliable identification of S. aureus strains isolated from tooth decay. © 2015, The National Academy of Sciences, India.
  • [ X ]
    Öğe
    Isolation and characterization of Vibrio spp. from anchovy and garfish in the Sinop province
    (Refik Saydam National Public Health Agency (RSNPHA), 2016) Avşar, Cumhur; Berber, Ismet; Yildirim, Ahmet Kenan
    Objective: In this study it was aimed to characterize the Vibrio species isolated from anchovy and garfish samples obtained from fishermen and to determine the antibiotic resistances, plasmide DNA and SDS-PAGE (sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis) whole cell protein profiles of these isolates. Method: The fish samples were taken as fresh, kept in ice during transport to the laboratory and immediately taken for analysis. The fish samples weighed as 25 grams were added into 225 mL of sterile alkaline peptone water supplemented with 3% NaCl broth for enrichment purpose and incubated at 37 OC for 18 to 24 hours. After incubation, yellow, green or blue-green colonies growing on Thiosulphate Citrate Bile Salt Sucrose (TCBS) agar were subcultured on Triptone Soya Agar (TSA) and incubated overnight for further identification of the isolates. The isolates were identified according to morphological, physiological and biochemical tests. Moreover, the resistances against seven different antibiotics of isolates were determined by disk-diffusion method. In addition, the SDS-PAGE cell protein and plazmid DNA profiles of isolates were determined. Results: Totallly 44 fish samples were tested for determining Vibrio species and were analyzed according to their morphological, biochemical properties. At the end of the analysis; 12 Vibrio species were determined. The isolates were resistant against to ceftazidime 66.6%, gentamisine 25%, tetracycline 16.6%, ceftriaxone 91.6%, amikacine 16.6%, ofloxacine 25% and penicillin G 58.3%. In addition, The MARI (Multiple Antibiotic Resistance Index) values of tested strains were found at the rate of 0.41. The numerical analysis of SDS-PAGE whole-cell protein profiles of Vibrio spp. isolates revealed two major clusters at similarity levels of 80% and above. The 1-4 plasmide (range 1590 - 27000 bp) in all of the isolates were determined. Conclusion: As a result, it is possible to say that microbial infections can be prevented by adequate freezing and cooking, proper storage and processing after harvesting and avoidance of cross-contamination during fish handling. In addition, the coastal contamination due to bacteria leads to decline in the quality of seawater resources and so leads to risks to human health and economic losses. Furthermore, our study indicated that the presence of antibiotic resistant Vibrio spp. strains isolated from fishes might be potential risk for health.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Protozoonların Tanısında İlmiğe Dayalı İzotermal Çoğaltma Yöntemi (LAMP)
    (Türkiye Parazitoloji Dergisi, 2010) Kolören, Zeynep; Avşar, Cumhur; Atlı Şekeroğlu, Zülal
    Protozoanlardan Apicomplexan şubesinin insan sağlığı yönünden çok önemli parazit cinsleri Plasmodium, Isospora, Toxoplasma, Babesia ve Cryptosporidium’dur. Protozoer hastalıkların tanısında kullanılan genel yöntemler, protozoonun vücutta yerleştiği yere, konağı terk etme yoluna ve klinikten gönderilen örneğe dayanır. Bazı protozoanların tanımlanmasında tek başına klasik yöntemler yeterli olmayıp türler arasındaki farklılığı belirlemek için moleküler metotlar kullanılmak zorundadır. Son yıllarda protozoanların tanımlanmasında sıklıkla kullanılan moleküler yöntemlerden biri de LAMP tekniğidir. Çok fazla teknik beceri ve profesyonel ekipmanlara gerek olmayan ancak güvenilir sonuçların elde edildiği lamp tekniğiyle sabit sıcaklıkta hedef DNA’dan kısa bir sürede çok fazla sayıda kopya elde etmek mümkündür. Bu çalışmanın amacı insan sağlığı yönünden önemli olan protozoanların tanımlanmasında lamp tekniğinin kullanılması ve diğer moleküler tekniklerle kıyaslanması hakkında bilgi vermektir.
  • [ X ]
    Öğe
    Sinop ili deniz suyu ve kara midye (Mytilus galloprovincialis Lamarck, 1819)'nin mikrobiyolojik analizi ve izole edilen Escherichia coli suşlarının moleküler karakterizasyonu
    (Sinop Üniversitesi, 2013) Avşar, Cumhur; Berber, İsmet
    Kıyı sularında fekal koliform ve fekal Streptococcus kontaminasyonu bütün dünyada yaygın bir halk sağlığı sorunudur. Bu çalışmada, Mayıs-2011 ve Ekim-2011 tarihleri arasında Sinop ilinde belirlenen 15 farklı istasyondan alınan deniz suyu ve midye (Mytilus galloprovincialis) örneklerinin fiziko-kimyasal ve mikrobiyolojik analizleri yapıldı. Ayrıca, bu örneklerden izole edilen 40 yerel ve 1 adet referans olmak üzere toplam 41 adet Escherichia coli suşunun; fenotipik karekterizasyonu, antibiyotik duyarlılıkları, toplam hücre ve hücre dışı protein profilleri, plazmid DNA profilleri ve rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA (RAPD) yöntemlerine göre karakterizasyonu gerçekleştirildi.Yapılan mikrobiyolojik analizler, deniz suyu ve midye örnekleri için bazı istasyonların fekal koliform ve fekal streptokok sayılarının tavsiye edilen değerlerin üzerinde olduğunu gösterdi. Farklı istasyonlardan alınan deniz suyu örneklerinin mikrobiyolojik analizleri; her bir istasyon için toplam koliform, fekal koliform ve fekal streptokok sayıları arasındaki farkın önemli (p<0.05) olduğu, toplam aerop bakteri sayıları için ise anlamsız (p>0.05) olduğunu ortaya koydu. Ayrıca, farklı istasyonlardan toplanan midye örnekleri için yapılan tüm sayım sonuçları arasındaki farkın anlamsız (p<0.05) olduğu da tespit edildi.Morfolojik ve fizyolojik özelliklerine göre, bütün yerel izolatların E. coli türüne ait oldukları belirlendi. Bütün suşların 7 farklı antibiyotiğe karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi kullanılarak test edildi. Antibiyogram sonuçlarına göre, suşlardaki antibiyotik dirençliliği; basitrasin (%100), novobiyosin (%100), ampisilin (%12.5), tetrasiklin (%7.5), seftazidim (%5) ve imipenem (%2.5) olarak belirlendi. Buna karşın, suşların hepsinin polimiksin B (%100)'ye duyarlı oldukları da bulundu.Toplam hücre protein profilleri (41 adet E. coli) esas alınarak yapılan nümerik analiz, E. coli suşlarının benzerlik düzeyi %72, %78 ile %87 ve üzerinde iki major gruba ayrıldığını ortaya koydu. Ayrıca, suşların hücre dışı protein profilleri (31 adet E. coli) esas alınarak yapılan nümerik analizde ise benzerlik düzeyi %75 ile %78 ve üzerinde iki major grup oluşturdu. Sonuçta, hücre dışı protein profillerinin toplam hücre protein profillerine göre daha iyi ayırım sağladığı belirlendi.Plazmid DNA analiz sonuçları, suşların 22 tanesinde moleküler ağırlığı 24.500-1.618 bp arasında değişen farklı plazmidlerin varlığını doğruladı. Bu suşların 21 tanesinde moleküler ağırlığı 14.700 bp olan plazmidin ortak olduğu bulundu.Araştırmada izole edilen 20 adet E. coli suşunun RAPD tekniği ile 2 farklı primer kullanılarak elde edilen bantların UPGMA metoduna göre nümerik analizleri yapıldı. RBM-6 primeri kullanılarak oluşturulan dendrogram, bant üreten toplam 13 suşun benzerlik düzeyi %12 ve üzerinde 2 major gruba ayrıldığını ortaya koydu. COL-I primeri kullanılarak oluşturulan dendrogram ise bant üreten toplam 14 suşun benzerlik düzeyi %26 ve üzerinde yine 2 major gruba ayrıldığını gösterdi.Sonuç olarak, bu çalışmada bazı istasyonlarda alınan su ve midye örneklerinin mikrobiyolojik analiz sonuçları, istasyonlardaki mikrobiyal kirlilik düzeyinin ciddi boyutlara ulaştığını gösterdi. Ayrıca, bu çalışmada izole edilen E. coli suşlarının ayırımında morfolojik ve fizyolojik özellikler, SDS-PAGE tekniğiyle elde edilen toplam hücre ve hücre dışı protein profillerinin nümerik analizi tür seviyesinde yeterli olurken, tür altı düzeyde ayırım için RAPD-PCR tekniğinin daha faydalı ve hızlı bir yöntem olduğu belirlendi.
  • [ X ]
    Öğe
    Sinop İlindeki hamsi ve zargana balıklarından Vibrio spp. izolasyonu ve karakterizasyonu
    (2016) Avşar, Cumhur; Berber, İsmet; Yildirim, Ahmet Kenan
    Amaç: Bu çalışmada, Sinop İlindeki balıkçılardan temin edilen hamsi ve zargana balık örneklerinden izole edilen Vibrio türlerinin karekterizasyonu ile bu izolatların antibiyotik dirençlilikleri, plazmid DNA ve SDS-PAGE (sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezis) toplam hücre protein profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Balık örnekleri taze olarak alınmış, buz üzerinde korunarak laboratuvara getirilmiş ve hemen analize alınmıştır. Balık örnekleri 25 g tartılarak zenginleştirme amacıyla %3 NaCl içeren steril alkali peptonlu su (225 mL) besiyerine ilave edilmiş ve 37 OC'de 18-24 saat inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyon sonrası Tiyosülfat Sitrat Safra Sükroz (TCBS) agar besiyerinde gelişen sarı, yeşil veya mavi-yeşil koloniler Tripton Soya Agar (TSA) besiyerine ekilmiş ve izolatların daha sonraki tanımlaması için bir gece süreyle inkübe edilmiştir. İzolatlar morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testlere göre tanımlanmıştır. Bunlara ek olarak izolatların yedi farklı antibiyotiğe karşı dirençliliği disk-difüzyon yöntemiyle belirlenmiştir. Ayrıca, izolatların SDSPAGE hücresel protein ve plazmid DNA profilleri de çıkartılmıştır. Bulgular: Toplam 44 adet balık örneği Vibrio türlerinin belirlenmesine yönelik çalışılmış ve morfolojik, biyokimyasal özellikleri yönünden incelenmiştir. İnceleme sonucunda; 12 adet Vibrio spp. belirlenmiştir. zolatların, seftazidime %66,6, gentamisine %25, tetrasikline %16,6, seftriazona %91,6, amikasine %16,6, ofloksine %25 ve penisilin G'ye %58,3 oranında antibiyotik dirençlikleri saptanmıştır. Ayrıca, test edilen izolatların MARI (Çoklu Antibiyotik Dirençlilik İndeks) değeri 0,41 oranında bulunmuştur. Vibrio spp. izolatlarının SDSPAGE toplam hücre protein profillerine göre oluşturulan nümerik analiz %80 ve üzerinde benzerlik seviyesinde iki temel küme oluşturmuştur. Vibrio spp. izolatların tümünde 1-4 plazmid DNA (1590 - 27000 bp aralığında) tespit edilmiştir. Sonuç: Sonuç olarak, balıklar yakalandıktan sonra yeterince dondurularak, pişirilerek ve uygun şartlarda depolanarak; ayrıca paketleme esnasında çapraz bulaşlara engel olunarak mikrobiyal enfeksiyonların önlenebileceğini söylemek mümkündür. Ayrıca, bakterilerden dolayı kıyı sularında meydana gelen bulaşlar, deniz suyu kaynaklarının kalitesinde düşüşlere ve bu yolla da insan sağlığında riske ve ekonomik kayıplara yol açmaktadır. Çalışmamız, sağlık için potansiyel risk olabilen ve balıklardan izole edilebilen, antibiyotiklere dirençli Vibrio spp. suşlarının varlığını göstermektir
  • Küçük Resim
    Öğe
    Sinop’da Yetişen Bazı Bitkilerin Metanolik Ekstraktlarının Antibakteriyal ve Antifungal Aktivitelerinin Belirlenmesi
    (Karaelmas Science and Engineering Journal, 2013) Berber, İsmet; Avşar, Cumhur; Çine, Nevra; Bozkurt, Nevin; Elmas, Emire
    Bu çalışmada, Sinop’da yetişen 15 farklı bitki türünden elde edilen metanol ekstraktların antimikrobiyal aktiviteleri 3 Gram-pozitif (Staphylococcus aureus ATCC 6538, Micrococcus luteus ATCC 9345, Bacillus cereus ATCC 7064), 2 Gram-negatif (Escherichia coli ATCC 11293 ve Enterococcus faecalis ATCC 51299) ve 3 maya (Candida krusei ATCC 6258, C. parapilosis ATCC 22019 ve C. albicans ATCC 14053) suşlarına karşı disk difüzyon yöntemi kullanılarak test edildi. Antimikrobiyal etkisi incelenen bitki türlerinin tümünün bir veya daha fazla mikroorganizmaya karşı etkili olduğu bulundu. Ayrıca, Sinop’a endemik olan Crocus speciosus subsp. xantholaimos’ın test edilen Gram-pozitif ve Gram-negatif bakterilere karşı yüksek antibakteriyal aktiviteye sahip olduğu belirlendi. Buna karşın, Laurus nobilis yaprak ve meyve özütleri 3 Candida türüne karşı daha yüksek antifungal aktivite gösterdi. Genel olarak bu çalışmadan elde edilen sonuçlar, incelen bitki ekstraktlarının antibakteriyal ve antifungal aktiviteleri arasında önemli bir farkın olmadığını gösterdi.