Yazar "Demircioğlu, Zeynep" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 5 / 5
  • [ X ]
    Öğe
    (±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini
    (2019) Demircioğlu, Zeynep; Ersanlı, Cem Cüneyt
    Moleküler yapıya ait tüm kuramsal hesaplamalar Gaussian 09 program kullanılarak B3LYP yoğunluk fonksiyoneli ve 6-311G(d,p) baz seti ile hesaplanmıştır. Bu çalışmanın amacı lokal ve global kimyasal aktivite parametrelerini inceleyerek yapının elektrofilik ve nükleofilik doğasını anlamaktır. Elektrofilik ve nükleofilik doğa, sertlik ve yumuşaklık parametreleri, MEP, net yükler (MPA ve NPA) ve Fukui fonksiyonları ile belirlenmektedir. Kuantum kimyasına ait moleküler sistemlerde NBO analizi, stabilizasyon enerjisi E(2), konjüge etkileşimler veya yük transferini incelemek için etkin bir yöntemdir. ECT (elektrofilik-bazlı yük transferi) yönteminde DNA bazları ve çalışılan molecule ait yük geçişleri ΔN yük transfer parametresi hesaplanarak belirlenmektedir. Bunların yanısıra, yapıya ait lineer olmayan optik, (Non Linear Optical, NLO), özellikler dipol moment, kutuplanabilirlik ve hiperkutuplanabilirlik parametreleri ile belirlenmiştir.
  • [ X ]
    Öğe
    2-kloro-1-(6-floro-3,4-dihidro-2H-kromen-2yl)ethanon Yapısının Yoğunluk Fonksiyonel Kuramı İle Kimyasal Aktivite Hesaplamaları
    (2022) Demircioğlu, Zeynep; Uzun, Serap
    Bu çalışmada, sentezi yapılmış ve X-ışını kırınımı yöntemi ile yapısı aydınlatılmış 2-kloro-1-(6-floro-3,4-dihidro-2H-kromen-2yl) ethanon molekülünün kimyasal aktivitesi, ikinci dereceden lineer olmayan optik özellikleri ve DNA bazları ile etkileşimi üzerine kuramsal çalışmalar yapılmıştır. Kuramsal yöntem olarak, deneysel çalışmalara yakın ve anlamlı değerler vermesi ayrıca hesapsal maliyeti nedeniyle Yoğunluk Fonksiyonel Kuramı (YFK) seçildi. Çalışılan molekülün kararlı moleküler geometrisi optimizasyon yapılarak elde edildi. Tüm kuramsal hesaplamalarda YFK/B3LYP/6-311++G(d,p) baz seti kullanıldı. Optimize edilmiş molekülün geometrik parametre değerlerinin deneysel verilerle uyumlu olduğu görüldü. Frekans hesaplamaları sonucunda sanal frekans verisinin gözlenmemesi de yapının başarılı olarak optimize edildiğini destekledi. Böylece optimize yapı üzerinden elde edilen diğer özellikler hesaplanarak yorumlandı. Molekülün kimyasal aktivitesinin hesaplanmasında sınır moleküler orbital (HOMO, LUMO) enerjileri kullanılarak sertlik, yumuşaklık ve diğer kimyasal aktivite parametreleri elde edildi. Moleküler elektrostatik potansiyel (MEP), yük popülasyon ve Fukui fonsiyon analizleri ile yapının hangi bölgelerde kimyasal etkileşime yatkın olduğu belirlendi. Bunların yanı sıra Hirshfeld yüzey analizi ile moleküler etkileşimler, Hirshfeld yüzey haritaları, atomların birbirleriyle etkileşim yüzdeleri 2 boyutlu-parmak izi tayini ile incelendi.
  • [ X ]
    Öğe
    Bis[2-(metilamino)troponato]bakır(II) Molekülünün Yapısal ve Elektronik Özelliklerinin Deneysel ve Kuramsal Analizleri
    (2020) Uzun, Serap; Demircioğlu, Zeynep
    Bis[2-(metilamino)troponato]bakır(II) molekülünün moleküler, elektronik ve kimyasal yapısı incelendi. Hesaplamalı kimya yöntemlerinden yoğunluk fonksiyonel kuramı kullanılarak molekülün deneysel olarak elde edilemeyen lokal ve global kimyasal aktivite parametreleri ve elektrofilik ve nükleofilik doğasının belirlenmesi amaçlandı. Bunun yanı sıra çalışılan molelükün optik bir materyal olma eğilimi incelenmiştir. Yapının kararlılık enerjisi, konjüge etkileşimler, yörünge orbitallerinin stabilizasyonu, hibritleşme yüzdeleri ve geçiş durumları incelendi.
  • [ X ]
    Öğe
    Chemical Activity and Molecular Docking Studies of 7-hydroxy-8-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-2H-chromen-2-one Molecule
    (TUBITAK, 2022) Demircioğlu, Zeynep
    In this study, the 7-hydroxy-8-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-2H-chromen-2-one molecule has been optimized using density functional theory (DFT), B3LYP model and 6-311G(d,p) bases set. Chemical activity parameters of hardness and softness analyzes, molecular electrostatic potential (MEP) and Fukui function analyzes of optimized structure have been performed. The nonlinear optical properties have been examined and its tendency to be an optical material is discussed. Using the electrophilic center charge transfer (ECT) method, the charge transfer interactions of the DNA bases and the studied structure have been obtained. In addition, the best binding site of the PDB:2YCF protein to the ligand (studied molecule) examined is determined by molecular docking and the binding energy and interaction states are investigated. © 2022, TUBITAK. All rights reserved.
  • [ X ]
    Öğe
    X-ray and DFT Investigation of (E)-4-bromo-5-methoxy-2-((o-tolylimino)methyl) phenol Compound
    (2018) Bektaş, Nur; Demircioğlu, Zeynep; Albayrak Kaştaş, Çiğdem; Büyükgüngör, Orhan
    (E)-4-bromo-5-methoxy-2-((o-tolylimino)methyl)phenol was investigated by experimental and theoretical methodologies. The solidstate molecular structure was determined by X-ray diffraction method. All theoretical calculations were performed by density functionaltheory (DFT) method by using B3LYP/6-31G(d,p) basis set. The titled compound showed the preference of enol form, as supportedby X-ray diffraction method. The geometric and molecular properties were compaired for both enol-imine and keto-amine forms fortitle compound. Stability of the molecule arises from hyperconjugative interactions, charge delocalization and intramolecular hydrogenbond has been analyzed using natural bond orbital (NBO) analysis. Mulliken population method and natural population analysis(NPA) have been studied. Also, condensed Fukui function and relative nucleophilicity indices calculated from charges obtained withorbital charge calculation methods (NPA). Molecular electrostatic potential (MEP) and non linear optical (NLO) properties are alsoexamined.