Yazar "Civek, Seyhan" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 5 / 5
  • [ X ]
    Öğe
    Characterization of Environmental Bacillus Isolates by Protein Fingerprinting and Random Amplified Polymorphic DNA Profiles
    (Springer India, 2017) Berber, Ismet; Avsar, Cumhur; Yegin, Zeynep; Civek, Seyhan
    The aim of the present study was to investigate antibiotic resistance, plasmid, random amplified polymorphic DNA (RAPD) and sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) profiles of the Bacillus spp. isolated from soil of Sinop environs, Turkey. A total of fifty-seven isolates were identified as Bacillus spp. based on morphological and physiological properties. All isolates were found resistant to bacitracin. Susceptibility patterns of the isolates to other tested antibiotics varied from 100 to 31.5 %. The plasmid analysis results indicated that isolates harbored 2 to 7 plasmids. The numerical analysis of whole cell and extracellular protein profiles of the isolates displayed similarity levels between 78–100 and 67–100 % respectively reflecting the less discriminative power of SDS-PAGE at subspecies level. However, RAPD analysis of genomic DNA using four different universal primers revealed 100 % polymorphism indicating the strength of RAPD in the differentiation of Bacillus isolates. © 2016, The National Academy of Sciences, India.
  • [ X ]
    Öğe
    Molecular epidemiology of Pseudomonas aeruginosa clinical isolates
    (Elsevier Brazil, 2016) Berber, Ismet; Avsar, Cumhur; Yegin, Zeynep; Tekerci, Melike; Civek, Seyhan
    [No abstract available]
  • [ X ]
    Öğe
    Phenotypic and genotypic characterization of foodborne bacteria isolated from Sinop Province, Turkey
    (Taylor & Francis Inc, 2017) Avsar, Cumhur; Civek, Seyhan; Aras, E. Sumer
    In this study, genotypic and phenotypic characteristics of the strains, antibiotic susceptibility, and antibiotic resistance genes of the Escherichia coli, Bacillus cereus, Listeria spp., and Salmonella spp. isolated from various animal foods in Sinop province were determined. Resistance percentages of the isolated strains to the antibiotics penicillin, vancomycin, clindamycin, tetracycline, ampicillin/sulbactam, gentamicin, ciprofloxacin, and chloramphenicol were 87.8, 71.9, 69.7, 63.4, 27.5, 23.1, 20.9, and 13.4%, respectively. Antibiotic resistance genes tetA, bla(CMY-2), and cat1 were found in 45, 21.25, and 6.25% of all the strains, respectively. The virulence genes were also investigated in the isolated in E. coli strains; the eae gene was found in 13.1% of the strains, while the stx1 was not identified in any strains. As a result, we can say that SDS-PAGE method may provide discrimination at species level; however, surveys at subspecies level demand molecular approaches such as ERIC and (GTG)(5)-PCR. In addition, we can suggest that molecular techniques may be especially helpful in the rapid identification of multidrug-resistant and isolates with virulence genes. This study has revealed that the investigated bacteria in animal foods is a significant reservoir of resistance genes.
  • [ X ]
    Öğe
    Sinop ilinde satışa sunulan gıdalardan izole edilen bakterilerin antibiyotik direnç genlerinin belirlenmesi
    (Sinop Üniversitesi, 2015) Civek, Seyhan; Berber, İsmet
    İnsan ve hayvanlarda antimikrobiyallerin yaygın ve yanlış kullanımı dirençli bakteriyal populasyonların seçilimine neden olmaktadır. Bu çalışmada, Sinop ilinden toplanan çeşitli hayvansal gıdalardan izole edilen 38 adet yerel ve 1 referans Escherichia coli, 12 adet yerel ve 1 referans Bacillus cereus, 14 adet Listeria spp. ve 16 adet Salmonella spp. suşlarının fenotipik ve genotipik özellikleri, antibiyotik duyarlılıkları, antibiyotik direnç genleri, SDS-PAGE toplam hücre protein ve plazmid DNA profilleri belirlendi. Ayrıca, E. coli'de eae ve stx1 virülans genlerinin varlığı araştırılmıştır. Çalışmada izole edilen E. coli suşlarının tümünün novobiyosin, vankomisin ve penisiline (%100), tetrasikline (%58,97), seftazidime (%17,95), polimiksin B (%10,26), ampisilin/sulbaktama (%30,77), streptomisine (%35,90), piperasilin/tazobaktama (%7,69), sefotaksime (%11), kloramfenikole (%15,38) ve gentamisine (%30,77) dirençli oldukları belirlenmiştir. B. cereus suşlarının tetrasiklin ve sefepime (%100), penisiline (%92,31), rifampisine (%84,62), novobiyosine (%76,92) ve siprofloksasine (%7,69) dirençli oldukları saptanmıştır. Listeria suşlarının oksasilin ve klindamisine (%100), amikasin ve siprofloksasine (%57,14), eritromisin, rifampisin, gentamisin ve amoksisiline (%42,86), penisilin ve tetrasikline (%35,71), vankomisin ve kloramfenikole (%28,57), ampisilin/sulbaktama (%21,43) dirençli oldukları görülmüştür. Son olarak, Salmonella suşları klindamisin, tetrasiklin, rifampisin, vankomisin ve penisilin G antibiyotiklerine (%100), gentamisin, imipenem ve kloramfenikole (%6,25), ampisilin/sulbaktama (%21,43) ve amikasine (%25) dirençli oldukları bulunmuştur. Antibiyotik direncinden sorumlu olan genler (tetA, blaCMY-2, cat1) PCR yöntemiyle belirlenmiştir. Buna göre antibiyotik direnç genleri izole edilen suşlarda; tetA %45, blaCMY-2 %21,25 ve cat1 %6,25 olarak tespit edilmiştir. Ayrıca izole edilen E. coli suşlarında virülans genleri; eae %13,16 olarak belirlenirken stx1 hiçbir suşta tespit edilememiştir. SDS-PAGE toplam hücre protein profilleri esas alınarak yapılan nümerik analizi, E. coli, B. cereus, Listeria ve Salmonella suşlarının benzerlik düzeyinin sırasıyla %68, %83, %76, %78 ve üzerinde iki büyük gruba ayrıldığını ortaya koymuştur. Plazmid DNA analiz sonuçları; E. coli'de 19.500-977,530 bp arasında, B. cereus'ta 10.875-1.761 bp arasında, Listeria spp.'de 20.476-934,424 bp arasında, Salmonella spp.'de 16.364-1.138 bp arasında değişen farklı plazmidlerin varlığını göstermiştir. Araştırmada izole edilen 38 E. coli, 12 B. cereus, 14 Listeria ve 16 Salmonella suşları Enterobacterial Repetitive İntergenic Consensus (ERIC-PCR) ve (GTG)5-PCR teknikleri kullanılarak elde edilen bantların UPGMA yöntemine göre nümerik analizleri yapılmıştır. ERIC1/ERIC2 primeri kullanılarak oluşturulan dendrogram, bant üreten toplam 27 E. coli, 13 B. cereus, 14 Listeria ve 16 Salmonella suşunda benzerlik düzeylerinin sırasıyla %52, %61, %55, %53 ve üzerinde 2 major gruba ayrıldığını göstermiştir. (GTG)5 primeri için ise 31 E. coli, 13 B. cereus, 14 Listeria ve 12 Salmonella suşunun sırasıyla %36, %70, %54, %59 ve üzerinde 2 major gruba ayrıldığı saptanmıştır. Sonuç olarak, SDS-PAGE tekniğinin tür düzeyinde ayrımı sağlayabileceği, fakat tür altı düzeyindeki araştırmalar için ERIC ve (GTG)5-PCR tekniklerinin daha uygun olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, çoklu ilaç dirençliliğine ve virülans genlere sahip izolatların hızlı tespit edilmesinde moleküler tekniklerin yardımcı olabileceğini önerebiliriz. Sonuçta, mikrobiyal enfeksiyonların; yeterince dondurma, pişirme ve uygun depolama ile önlenebileceğini ve ayrıca bakterilerden dolayı gerçekleşecek kontaminasyonlar ile ekonomik kayıpların ve halk sağlığında risklerin ortaya çıkmasına neden olacak besin kalitesindeki düşüşlerin görülebileceğini söylememiz mümkündür.
  • [ X ]
    Öğe
    THE GENETIC HETEROGENEITY OF FACULTATIVE ALKALIPHILIC BACILLUS SPECIES ISOLATED FROM SODA LAKE
    (Parlar Scientific Publications (P S P), 2016) Avsar, Cumhur; Yegin, Zeynep; Civek, Seyhan; Berber, Ismet
    In this study, the genotypic diversity of 26 Bacillus strains, including 24 facultative alkaliphilic isolates from the waters and surrounding soils of Lake Van, Turkey and 2 reference strains were investigated. Plasmid profiling and RAPD-PCR were used to determine the genetic variability of the isolates. The plasmid profiling analysis confirmed all the isolates had plasmids and 20 isolates were allocated into three major groups excluding the ones with unique plasmids. A total of six oligonucleotide primers were used for RAPD amplification, which generated a total of 505 fragments, all of them were polymorphic. A numerical analysis of the DNA band profiles with 6 different primers was generated by unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA). The genetic distances among the isolates using the primers M13-10, M13-14, OPL3, OPL12, RAPD12, and RPO2 were at percentage similarities between 16 to 100%, 12 to 100%, 28 to 94%, 4 to 100%, 31 to 100% and 8 to 80% respectively. The results of the study suggested that RAPD-PCR technique can provide rapid and efficient approach to solve taxonomic difficulties among the facultative alkaliphilic Bacillus isolates at the strain level.