Avşar, CumhurKurt Coşkun, GüleyHas, Büşra2026-04-252026-04-252025https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=Xau5rw3KuCgEuy-FuJQtsBSKp9e1PCWs8mIwGQC13rTUNNBk0HJ_-YXeZRcvkocxhttps://hdl.handle.net/11486/7774Kahverengi makroalglerden olan Cystoseira sensu lato (sl) (Ochrophyta) fasiyesi, Karadeniz'de yaygın bir dağılıma sahip olup poliketler için yaşam ortamı oluşturur. Denizel organizmalarla ilişkili mikrobiyota, deniz ekosistemlerinin dengesi ve biyoçeşitliliğin devamı için kritik rol oynar. Bu tez çalışmasında, bir poliket familyası olan Nereididae'ye ait bireyler ile birliktelik oluşturdukları Cystoseira sl fasiyesinin mikrobiyal kommunitesinin araştırılması, konak-konakçı arasındaki mikrobiyal ilişkinin anlaşılması, deniz suyu örneklerinin mikrobiyal tespitinin yapılması, istasyonlar arasındaki benzerlik ve farklılıkların belirlenmesi amaçlanmıştır. Sinop kıyısında, örnekleme yapılan üç istasyona ait su, alg ve poliket örnekleri için DNA ekstraksiyonu yapılmış, 16S rRNA geninin V4-V5 bölgesi kullanılarak SSCP yöntemiyle tez çalışması gerçekleştirilmiştir. Poliakrilamid jel üzerinde görüntülenen bantların, sekans analizi yapılarak GenBank-BLAST taraması sonucu yüksek benzerlik gösteren bakteri türleri saptanmıştır. Tüm örneklerde ortak olarak tespit edilen filumlar; Bacteriodetes, Proteobacteria ve Firmicutes şeklinde olup su örneklerinde ise bu filumlara ek olarak Cyanobacteria yer almaktadır. BLAST taraması sonucunda en fazla, kültüre alınmamış denizel bakteri klonları (uncultured marine bacterium clone) tespit edilmiştir. Örnekler arasında kommunite yapılarını gözlemek üzere kullanılan UPGMA dendrogramı ve bant profilleri için elde edilen sekans verilerine dayalı oluşturulan filogenetik ağaçlar incelendiğinde; su ve alg örnekleri ile aynı zamanda alg ve poliket örnekleri arasında dikkate değer bir yakınlık tespit edilemediği gözlenmiştir. Örnekleme yapılan üç istasyondan birinde konak-konakçı (alg ve poliket) arasında Bacillus türlerinin varlığı açısından benzerlik olduğu görülmüştür. Ek olarak, BLAST taraması sonucunda, insan ve hayvan patojeni olan bazı türlerle benzerlik gösteren bakteri örneklerine de rastlanmıştır. Bunun dışında, deniz suyu örneklerinin DNA ekstraksiyonu öncesi filtasyon işlemi için kullanılan karbon ve selüloz filtreler kıyaslanmış ve filtrelerin birbirlerine göre çok sayıda bant ve/veya tür tespitine olanak tanıması bakımından herhangi bir avantajı saptanamamıştır. Çevresel örneklerde bulunması muhtemel olan inhibitör maddeler ve SSCP yönteminde optimizasyonların sağlanabilme güçlüğü, bu tez çalışmasında karşılaşılan zorluklardandır. Bu çalışma; denizel mikrobiyotanın, içerisinde bulundurduğu organizmalarla olan kompleks etkileşimlerine katkı sağlamaktadır.The brown macroalgae Cystoseira sensu lato (sl) (Ochrophyta) facies has a widespread distribution in the Black Sea and provides habitat for polychaetes. The microbiota associated with marine organisms plays a critical role for the balance of marine ecosystems and the maintenance of biodiversity. In this thesis study, it was aimed to investigate the microbial community of Cystoseira sl facies in association with individuals belonging to Nereididae, a polychaete family, to understand the microbial relationship between host and host, to determine the microbial determination of seawater samples, and to determine the similarities and differences between the stations. DNA extraction was performed for water, algae and polychaete samples from three sampling stations on the Sinop coast, and the thesis study was carried out by SSCP method using the V4-V5 region of the 16S rRNA gene. Sequence analysis of the bands visualized on polyacrylamide gel was performed and high similarity bacterial species were identified as a result of GenBank-BLAST search. The phyla common to all samples were Bacteriodetes, Proteobacteria and Firmicutes, and in addition to these phyla, Cyanobacteria were found in water samples. As a result of the BLAST search, uncultured marine bacterium clones were identified the most. When the phylogenetic trees constructed based on the UPGMA dendrogram used to observe the communite structures among the samples and the sequence data obtained for the band profiles were examined; it was observed that there was no remarkable affinity between water and algae samples, as well as between algae and polychaete samples. In one of the three stations sampled, there was similarity between host and host (algae and polychaete) in terms of the presence of Bacillus species. In addition, the BLAST search revealed bacterial samples that were similar to some human and animal pathogenic species. Furthermore, carbon and cellulose filters used for the filtration of seawater samples prior to DNA extraction were compared and no advantage was found in terms of enabling the detection of multiple bands and/or species. Inhibitory substances that are likely to be present in environmental samples and the difficulty of achieving optimizations in the SSCP method are among the difficulties encountered in this thesis study. This study contributes to the complex interactions of marine microbiota with the organisms it contains.trinfo:eu-repo/semantics/openAccessBiyolojiBiologyMaster Thesis175954437